Carinski laboratorij deluje v okviru Sektorja za tarifo vrednost in poreklo na Generalnem carinskem uradu. Njegovi začetki segajo v leto 1964. Združuje strokovnjake s področja kemije, živilske tehnologije in tekstila.

Carinski laboratorij s svojim znanjem in analitsko opremo nudi carinski službi strokovno in tehnično podporo pri uvrščanju blaga v carinsko tarifo, pri kontroli trošarinskega blaga in izvajanju skupne kmetijske politike.

Carinski laboratorij ima pomembno vlogo tudi pri kontroli trošarinskih izdelkov. V alkoholu in alkoholnih pijačah ugotavlja vsebnost etanola ter prisotnost denaturantov v denaturiranem etanolu.

Carinskim mobilnim enotam nudi tehnično pomoč pri kontroli namenske uporabe goriva. Za naftne derivate, ki se uporabljajo za ogrevanje, je predpisana nižja trošarina kot za naftne derivate, ki se uporabljajo za pogon motorjev. Da ne bi prihajalo do zlorab, se derivati, namenjeni ogrevanju, označujejo z markirnim sredstvom. Mobilne enote na terenu kontrolirajo gorivo v rezervoarjih vozil in delovnih strojev ter s hitrim testom preverijo prisotnost markirnega sredstva. V primeru dvomljivih rezultatov pošljejo vzorce v dodatno analizo v laboratorij. Z analizo na spektrofotometru UV-VIS ali visokotlačnem tekočinskem kromatografu se nedvoumno potrdijo ali ovržejo rezultati hitrega testa.